Suomen Aivot ry perustettiin 13.3.2012

European Brain Council (EBC) on yleishyödyllinen toimija, jonka tarkoitus on edistää aivotutkimusta Euroopassa. Kansallisen jäsenjärjestön perustamiseksi valmisteleva toimikunta oli lähettänyt kutsun lukuisille potilas- ja tieteellisille järjestöille. Mielenterveyden keskusliiton tiloissa 13.3.2012 pidettyyn Suomen Aivot ry:n perustavaan kokoukseen saapui 8 potilasjärjestön ja 11 tieteellisen järjestön edustajaa. 

Yhdistyksen varsinaiseksi jäseneksi voidaan hyväksyä rekisteröidyt yhdistykset ja muut oikeustoimikelpoiset yhteisöt, joiden pääasiallisena tarkoituksena on toimia aivoterveyttä edistävän tutkimuksen alueella ja/tai edistää yleistä tietoisuutta aivojen terveydestä ja/tai edistää aivosairauksia sairastavien ihmisten ja heidän läheistensä tasa-arvoista asemaa yhteiskunnassa. Yhdistyksen yhteisöjäseneksi voidaan hyväksyä aivotutkimuksen alalla liiketoimintaa harjoittavia oikeuskelpoisia yhteisöjä. 

Verrattuna Eurooppalaiseen järjestöön haluttiin Suomessa tehdä se merkittävä erilainen linjaus, että yhteisöjäsenillä ei ole kokouksessa äänivaltaa, ainoastaan läsnäolo- ja puheoikeus. Tällä haluttiin rajata teollisuuden ja liike-elämän roolia. 

Yhdistyksen puheenjohtajaksi valittiin professori Reetta Kälviäinen (Suomen Neurologinen yhdistys) ja varapuheenjohtajaksi professori Jyrki Korkeila (Suomen Psykiatriyhdistys).

Hallituksen jäseniksi valittiin Sari Tervonen (Epilepsialiitto ry), Göran Johansson (Mielenterveyden keskusliitto ry), Irma Holopainen (Suomen Aivotutkimusseura ry), Jorma Piha (Suomen Lastenpsykiatriyhdistys ry), Juha Öhman (Suomen Neurokirurginen Yhdistys ry) ja Marja Hietanen (Suomen Neuropsykologinen Yhdistys ry). Varajäseniksi valittiin Tiina Viljanen, (Aivoliitto ry), Maria Arvio (Kehitysvammalääkärit ry) ja kansanedustaja Sari Sarkomaa.  Erovuorossa vuonna 2013 ovat: Tervonen, Holopainen, Hietanen ja Arvio.